Fundada alrededor de un cenote por los habitantes de la extinta población de Xkalumkín, entre los años 1500 y 1600, Hecelchakán estaba rodeado de grandes sabanas, lo que motivó que los indígenas lo llamaran Helechakán (sabana del descanso), que al ser castellanizado se transformó en Hecelchakán.

Una de las interpretaciones que se ha dado al nombre de esta ciudad es el de "Llano del descanso" o "Sabana bifurcada", pero la Crónica de Calkiní, la llama Xecelchakán o sea "Sabana del linaje de los Xece". Sin embargo, en 1588, los lugareños dieron a fray Alonso Ponce una explicación relacionada con la presencia ahí en la temprana época colonial de un jeque o "xeque" morisco, náufrago en Río Lagartos.

Hecelchakán fue escenario de importantes acontecimientos políticos; en junio de 1834, en la calle principal de la población, libraron una batalla las fuerzas centralistas de don Francisco de Paula Toro y las federalistas al mando de don Felipe Montero, quien fue derrotado.

En 1840, el Partido de Hecelchakán estaba formado por las poblaciones de Pomuch, Pocboc, Tenabo, Tepakán, San Antonio Sacabchén, Dzibalché, Bécal, Nunkiní y la Villa de Calkiní.

A mediados de 1846, el Partido de Hecelchakán comprendía tres cabeceras de parroquia: Hecelchakán, Calkiní y Bécal.

El 7 de diciembre de 1915, al publicarse el decreto núm. 51 que aprobaba una nueva Ley de Administración Interior, Hecelchakán se convirtió en uno de los ocho municipios libres que conformaron el nuevo estado de Campeche. Esta ley empezó a regir el 1 de enero de 1916.

En 1957 recibió el título de ciudad por decreto del Lic. Alberto Trueba Urbina, en aquel entonces gobernador constitucional del estado de Campeche.

En las cercanías de la ciudad hay varios puntos de interés patrimonial. Entre las antiguas haciendas están Chunhuás, Chunkanán y Blanca Flor. Esta última, con su capilla en ruinas sobre una colina y su casona restaurada, fue escenario del enfrentamiento entre soldados carrancistas y alvaradistas durante la Revolución. A medio camino entre Hecelchakán y Chunhuás se encuentra la zona arqueológica de Xuelen, uno de cuyos edificios conserva en su interior restos de pintura mural. Poc Boc es un poblado con arquitectura vernácula bien conservada, incluyendo su pequeño cementerio. Su sencilla iglesia colonial no está cubierta por un bóveda, como es costumbre en la región, y se eleva sobre un pequeño montículo; en la época colonial fue visita de los franciscanos asentados en Hecelchakán.

IGLESIA Y CONVENTO DE SAN FRANCISCO

El edificio franciscano, de fines del siglo XVI, es un buen ejemplo de la arquitectura colonial campechana. Su fachada está flanqueada por dos esbeltas torres y alrededor de la puerta se advierten relieves del sol y la luna, motivos que se repiten en las portadas laterales. Su interior en forma de cruz latina está cubierto por una bóveda de cañón. Los vanos se coronan con veneras, comunes en el repertorio arquitectónico colonial de esta zona. El retablo principal es de sabor popular. Anexa a la iglesia, una portería formada por arcos de medio punto es testimonio de lo que fue el claustro conventual.

La ciudad cuenta con un museo arqueológico poco conocido: El museo arqueológico del Camino Real.

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